MESSINA-SIRACUSA
La costruzione della linea ferroviaria venne fatta dopo l'unità d'Italia, dato che si era già ben visto che il trasporto su ferro promuoveva lo sviluppo del territorio
La Società Adami e Lemmi, aveva ottenuto il 25 settembre 1860, la concessione per la costruzione di varie ferrovie, ma questo incontrava l'opposizione del nuovo governo italiano che aveva tutt'altre prospettive, perciò venne revocata
La Società Vittorio Emanuele, ebbe la concessione per costruire e per l'esercizio delle linee ferroviarie calabro-sicule.
Nel 1866 la Vittorio Emanuele stipulava una convenzione con l'Impresa Generale per la costruzione delle strade ferrate calabro-sicule per continuare i lavori della Messina-Siracusa.
Il 12 dicembre 1866, finalmente, Messina veniva collegata alla Stazione di Taormina-Giardini con l'apertura al traffico della prima tratta di 47 km e il 3 gennaio del 1867 il tronco successivo di altri 47 km raggiungeva la stazione di Catania Centrale costruita, contro il parere di gran parte dell'opinione pubblica locale che voleva un tracciato a nord della città, sulla scogliera dell'Armisi che obbligò, per il proseguimento verso Siracusa, alla costruzione degli Archi della Marina, che cinsero la città di Catania entro una cintura di ferro, tuttora esistente.
Il 1º luglio del 1869 venne inaugurata, dopo il completamento del lungo viadotto della Marina e della galleria dell'Acquicella, la tratta da Catania Centrale a Catania Acquicella, fino a Bicocca tutta a semplice binario fino alla stazione di Lentini. Nello stesso giorno veniva aperto anche il collegamento ferroviario di 914 m fino a Catania Marittima all'interno del porto di Catania.
Il 19 gennaio 1871 venne aperto al traffico l'ultimo tratto di 57,8 km tra Lentini e la Stazione di Siracusa. Per questo era stato scelto un itinerario tortuoso che seguiva la costa allo scopo di evitare lo scavo di ulteriori lunghi tunnel e con la costruzione di un solo ponte sul torrente Castelluccio. Due decenni dopo la stazione di Siracusa venne collegata, al porto con un tratto di linea di 1.563 m al termine del quale venne costruita la stazione di Siracusa Marittima; il 13 agosto 1892.
Alla fine degli anni cinquanta il percorso ferroviario da Ognina alla stazione centrale di Catania che correva allo scoperto venne sostituito da una galleria in rettilineo di oltre 1 km. La lunga Galleria di Ognina, venne realizzata a semplice binario. Gli anni seguenti videro l'elettrificazione prima della Messina-Catania che comportarono adeguamenti di sagoma limite e ampliamento del fascio binari della stazione centrale; nel maggio 1960 fu la volta della Catania-Siracusa.
Nei primi anni settanta vennero avviati i lavori di raddoppio della tratta Giampilieri-Messina centrale ed avviati i lavori di raddoppio anche delle tratte Acquicella-Catania Bicocca e Catania Ognina-Giarre. Il 28 maggio 1989 fu attivato il tratto in variante a doppio binario di 21 km, dei quali circa ¾ in galleria, tra Catania Ognina e Carruba, alle porte di Giarre. Entravano così in funzione le stazioni interamente nuove e in sede differente di Cannizzaro e Acireale e abbandonate definitivamente quelle di Acitrezza e Acicastello.
Il 21 giugno del 1998 venne sostituito il vecchio tracciato Targia-Siracusa e sostituito da un tratto a doppio binario in variante di cui buona parte nella nuova galleria Epipoli di 3,5km. L'ingresso nella stazione di Siracusa, sin dall'inizio stazione passante, venne cambiato spostandolo sul lato sud in affiancamento alla linea proveniente da Ragusa la scelta precluse la possibilità di effettuare treni diretti senza inversione di marcia sull'itinerario Catania-Siracusa-Ragusa, come invece era possibile ed avveniva in precedenza.
La linea è oggetto di lavori di ammodernamento sin dall'inizio degli anni 2000 con il passante ferroviario di Catania che, oltre a completare il raddoppio del binario, creerà alcune nuove fermate di tipo metropolitano. È previsto l'interramento della stazione di Catania Centrale, sostanziali modifiche della tratta fino a Bicocca, con l'interramento dei binari per consentire il prolungamento della pista aeroportuale di Fontanarossa e lo spostamento più a sud della stessa stazione.
Il 14 dicembre 2008 vennero attivate le nuove fermate di Fiumara Gazzi, Mili Marina, Ponte Santo Stefano, Ponte Schiavo e San Paolo, servite dai treni della Metroferrovia Messina-Giampilieri.
Il 18 giugno 2017 venne attivato il raddoppio del binario fra le stazioni di Cannizzaro e di Catania Centrale, venne soppressa la stazione di Catania Ognina e vennero attivate le nuove fermate Ognina, Picanello ed Europa , destinate al servizio metropolitano, non ancora attivo.